Con trai của một thủy thủ, Sosuke, 5 tuổi, sống một cuộc sống yên tĩnh trên một vách đá bên bờ biển với mẹ Lisa. Một ngày định mệnh, anh tìm thấy một con cá vàng xinh đẹp bị nhốt trong chai trên bãi biển và sau khi giải cứu cô, đặt tên cho cô là Ponyo. Nhưng cô không phải là cá vàng bình thường. Con gái của một phù thủy bậc thầy và một nữ thần biển, Ponyo sử dụng phép thuật của cha mình để biến mình thành một cô gái trẻ và nhanh chóng yêu Sosuke, nhưng việc sử dụng phép thuật mạnh mẽ như vậy gây ra sự mất cân bằng nguy hiểm trên thế giới. Khi mặt trăng dần dần đến gần trái đất và cha của Pony gửi những con sóng hùng vĩ của đại dương để tìm con gái của mình, hai đứa trẻ bắt đầu cuộc phiêu lưu của một cuộc đời để cứu thế giới và thực hiện ước mơ trở thành con người của Pony.