Sở Cảnh Sát nhận được thông tin về một vụ nổ ở Viện vi sinh học Tokyo thuộc thành phố Tokyo Nishitama. Một nhóm khủng bố đã lấy đi một loại virus vô cùng nguy hiểm. Cả Osaka đã biết về vụ việc, và đang trong tình trạng hoảng loạn, nhiều người lập tức di tản. Cuộc đấu trí sống còn giữa Conan và Kid có đi đến hồi kết hay không khi thời gian chỉ còn 6h đồng hồ?